《时空幻境》以蒂姆（Tim）寻找一位“被邪恶可怕怪物所绑架的公主”为主线。游戏没有为蒂姆与公主的关系进行细致的描述，玩家唯一了解的是蒂姆曾犯下某些严重的过错，并希望弥补,抹消这些过错。每个世界的大房间中摆放着若干本…

整个故事的主角本•坦尼森现在除了使用阿兹米斯给他的新Omnitrix继续保护世界，还遇到新的伙伴入克。格温和凯文因为要去上大学，所以离开贝尔市。这也让本必须面对没有这两位老战友一起战斗的局面。幸好他还有一位新的伙伴战友鲁克。另外…