穆德失踪后，史考莉请约翰·道格特探员帮忙，连同斯金纳、孤枪手等一同寻找穆德。鉴于无法找到穆德，FBI决定让道格特探员正式接手X档案，而此时的史考莉在与穆德共事多年后也早已相信X档案中一系列“灵异事件”的真实性，于是她开始了与…

继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。…

美国FBI探员福克斯·穆德（大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰）童年时曾经历一起离奇神秘的绑架案，他的妹妹萨曼莎在睡梦中被外星人劫持，至今下落不明。从此穆德便专注于神秘事件的研究，并专门负责FBI总部的X档案部门。因穆德行事乖张，…

该剧的主题是外星人，特异功能以及种种科学不能解释的超自然现象。联邦调查局探员mulder因妹妹在8岁时的遭外星人人绑架失踪，从此对外星人以及种种超自然现象的存在深信不疑。而他的搭档scully探员对怪诞现象心存怀疑，她认为没有科学不…

外星人与政府的阴谋随着逼近大结局而越来越明显。大结局《真相》(The Truth)里，穆德得到线报又回来寻找真相了，但是他却因同超级战士的搏斗而被关进了监狱，控以谋杀，接受审判。但是穆德否认指控，因为简单手法根本杀不死超级战士。道…

迪恩（简森·阿克斯 Jensen Ackles 饰）和萨姆（贾德·帕达里克 Jared Padalecki 饰）终于找到父亲约翰（杰弗瑞·迪恩·摩根 Jeffrey Dean Morgan 饰），但为了救迪恩，约翰甘愿深入地狱，留下兄弟两个继续完成“猎人”职责。同时兄弟俩…

穆德（David Duchovny 大卫•杜楚尼 饰）被外星反叛者劫持，而斯科莉（Gillian Anderson 吉莲•安德森 饰）亦同时发现自己怀有身孕。穆德的办公室被搜查，斯科莉请求Skinner（Mitch Pileggi 饰）帮助寻找搭档，孤枪侠也参与进来。…