在一个架空的世界，雷瓦姆皇国与天上帝国军爆发旷日持久的战争。雷瓦姆的卡洛皇子率领军队与敌人抗战，时刻盼望战争早日结束能与远在圣马尔提利亚的未婚妻法娜（竹富圣花 配音）完婚。为了挫败雷瓦姆的士气，天上帝国派兵偷袭圣马尔提利…

在艾伦他们居住的帕拉迪岛之外，还存在一个其他人类居住的世界。当中一个国家「玛雷」与其他各国爆发战争。陷入苦战之际，他们决定要攻进帕拉迪岛，把「始祖的巨人」抢过来。在这里又看到另一群孩子们拼命求生存的身影……。

第二季剧情紧接第一季小学生与中学生篇，高校生篇里，升入2年生的千早自创花牌社并逼迫真岛入社，在千早的热情劝服下其他的伙伴也一一进入花牌社团。更让远在福井因爷爷去世不再碰花牌的绵谷重新回归……

战争明明已经结束，世界应该恢复和平才对，但是…。 在满是腐朽骸骨中彷徨、身背枪管独身一人的少女。放眼望去的小镇、对谁也不能说的秘密…！揭开男子与少女的，爱与暴力与哀悼之旅的帷幕！

苍月潮（畠中祐 配音）是一位身体瘦弱的平凡国中生，一次偶然中，潮在地下室里遇见了一只被封印长达五百年之久的妖怪，并于无意之中拔出了封印它的“兽茅”，使得妖怪重返人间。潮身上所爆发出来的惊人力量令妖怪震惊，它当即表示臣服于…

总是被欺负的幕之内一步在机缘巧合下遇到职业拳击手鹰村，并从此开始了拳击生涯。初入鸭川会的一步在鸭川会长严厉的训练下，终于登上了日本冠军。在卫冕第一战中击败天才拳击手真田之后，下一个对手是曾经在鸭川会一同挥洒汗水的师弟・山…

钓船店「幕之内」的儿子幕之内一步，是个难得的优秀高中生。从小就由母亲独自一人抚养，长大的一步也学会帮忙家中经营钓船店。 高中二年级的春天，一步如同往常般受到不良分子的骚扰，还遭受到一连串的殴打。这时，正巧让经过的拳击手－…

20世纪60年代，战后经历了大萧条和经济飞速的发展，日本全国上下涌动着一股躁动而狂热的气息。就在某一年的夏天，于时代似乎全然脱节的高中生西见薰默默地从横须贺转学来到了长崎县的一个普通小镇。他相貌俊朗，家境优渥，学业出众，并且…